2017학년도 부터 조종분야만 뽑는다. 조종에서 시력교정술인 PRK 를 허용, 일정 수준 시력이 낮아도 입학이 가능해졌다. 전원 조종자원으로 선발하기 때문에 신입 생도는 공중 근무자 1급 신체검사 기준을 충족해야 하므로 신체 기준이 타 사관학교와는 나안시력 양안 0.5미만, 교정시력 1.0미만, 양안 중 어떤 한 경선이라도 +2.00 또는 _1.50D 초과의 굴절이상, 1.50D 초과의 난시 , 2.00D 초과의 부동시는 불합격 사유기 때문이다. 실제로 신체검사 탈락사유 1위는 시력이다. 2007년부터 2012년까지 연평균 26%의 인원이 성적은 우수하지만 시력이 나빠 신검에서 탈락했다. 하지만 2014년 부터 시력교정술을 허용하고 있어, 저시력자의 지원 및 합격이 크게 늘고 있다. 위 기준을 미달되는 시력이라고 해도 공군사관학교가 정한 일정 수준의 시력만 된다면 재학중 수술을 조건으로 합격을 시키고 있기 때문이다. 단 신체검사 이전에는 어떤 종류의 시력 개선술도 허용하지 않고 있다. 신체 검사 이전 시력교정 수술은 불합격 사유다. 참고로 69기의 경우 PRK 수술 대상자가 전체 합격생의 70%가 넘었다. 즉 시력이 0.5가 안되더라도 PRK수술 등을 통해 시력이 개선될 수 있다면 합격이 된다는 뜻이다. 하지만 이 수술을 받을수 없는 안좋은 시력은 여전히 불합격 대상이다. 또한 육군사관학교와 해군사관학교와 달리 색약은 지원할수 없다. 따라서 공군사관학교에 도전 하려면 최소한 시력만큼은 사전 검진을 통해 확인 하고 응시하는 게 정석이다. 시력이외에도 혈압 및 심전도 등 조금만 기준 이상치가 나와도 탈락이다. 전원 조종특기로 전환된 첫해에는 무려 1차 합격자의 30%선이 신체 검사에서 탈락했었다. 보통 4학년 11월 말경에 졸업예정 생도 전원이 공중근무자 신체검사를 받게 되며 1급 기준을 만족하는 인원은 전원 조종 특기를 부여받고 비행교육 과정에 입과하게 된다. 물론 입과 후 통과하는냐 재분류되는냐는 본인 몫. 2014 학년도 부터는 라식 수술 가능자도 합격시키기로 하였다. 덕분에 2014년 입학자의 경우 175명의 최종합격자 가운데 82명이 나안 0.5미만으로 안경을 착용했다. 이들은 재학 중에 시력교정 수술을 받으면 임관후에 비행 교육을 받을수 있다. 본래 비행교육은 임관 후에 이루어 진다.
가입교 기간엔 기초 군사훈련을 받는다. 이때 공사 가입학자들을 예비생도라고 하는데 그것보다는 그냥 메추리 라는 별명이 훨씬 많이 불린다. 훈련강도는 상당히 높다. 거의 4주 내내 개인시간이 없다고 보면 되고 특히 첫 2주 중에는 말 그대로 한번 미소 짓기도 힘들다. 지도는 생도들이 직접 실시 하며 4학년 생도 중 희망자를 생활지도생도 와 훈련지도생도로 구분하여 선발하고 각각 생활교육댇대대 ,훈련교육대대를 구성한다. 각 대대별로 대대장 생도(1명)-중대장 생도(4명)-편대장 생도(중대별3-4명)로 구성 되어 예비생도들을 교육한다.
사람들이 흔히 생각하는 것과는 달리 , 공사 4년 과정 중에는 조종사를 양성하기 위한 비행훈련은 하지 않는다. 재학기간 중에는 T-103초등훈련기에 탑승하여 교관이 조종하는 것을 지켜보는 관숙 비행을 하게 된다. 하지만 이기간에는 간단히 비행기를 타보고 조종간을 몇 번 잡아보며 비행기에 익숙해지는 정도일 뿐 전문적인 비행에 대한 공부를 시작하지 않으므로 졸업전 1월 쯤에 입과하는 입문 과정 1차반은 예외이며 공사를 막 졸업한 생도의 비행 시간은 사실상 0시간이다. 특기는 임관 후 부여되며 졸업 및 임관 후에 비로소 비행훈련을 받게 된다. 입문-기본-고등과정으로 이어지는 총 3단계의 교육 과정을 거치게 되며 총 1년 반 이상이 소요된다. 그래서 정식 파일럿이 되려면 공사 입학 후 6년에 가까운 세월이 필요하다. 그래서 전투기 조종사 중에는 소위가 없다. 비행훈련을 받다가 진급해버리기 때문이다. 또한 비행훈련 과정이 상당히 가혹하기 때문에 중도 탈락하여 비조종 특기를 배정받는 경우가 거의 절반이다. 훈련 과정 중에 적성 등을 이유로 본인이 그만두는 경우도 있고 , 훈련 과정중 여러 차례 거쳐야 하는 평가 비행에서 불합격하여 탈락하는 경우도 있다. 이유야 어찌 되었건 재분류가 될경우 다시는 공군에서 파일럿이 될수 없다. 괜히 조종 특기를 우대하는 것이 아니다. 공군 조종사의 훈련 정도가 감이 안 온다면 , 훈련 빡세기로 유명한 특전사나 해군 특수전전단 등의 특수부대들과 비교해서도 결코 뒤지지 않는 수준의 훈련을 거친다고 생각하면 된다. 실제로 공수훈련, UDT훈련 등도 위탁해서 실시한다. 중위 1년에서 2년차 정도의 조종특기 장교는 타군 특수부대 훈련을 가더라도 우수 부대원으로 인정 받을 수준으로 우수한 인력이다. 게다가 강인한 체력뿐만 아니라 우수한 두뇌와 학습능력도 겸비해야 하므로 지,덕,체, 3박자를 모두 완벽하게 갖춘 가장 우수한 이재라고 할 수 있다. 한마디로 전군을 통틀어서 가장 높은 비용을 들여 양성한 전문 군인이자. 우수한 인적 자원이라고 할수 있다.
80년대 중반에서 90년대 후반까지 어이없는 일도 있었다. 전두환 대통령의 "졸업하면 바로 전투기 타나?"한마디에 의해 3학년부터 초등 비행과정 입과를 실시하였다. 이때 대학 교육은 말 그대로 파행, 전문대학보다 못한 수준의 학점을 이수하는 일이 흔했다. 이는 점차 사라졌지만 그후에도 조종사 TO 사정에 따라 입과시기는 4학년 초 후반 등 마음대로였다가 현재는 임관 후에 입문 과정에 입과한다. 공사출신은 졸업했을때 비행 시간이 0시간이므로 조종장학생이나 학사장교 후보생 조종 자원과 함께 입문문 과정부터 입과한다. 반면 학군단 조종 자원은 학교에서 비행을 하고 오므로 입문 과정을 생략하고 바로 기본 과정부터 입과하며 기본 과정도 공사 포함 타 출신들이 35주간 받는 것을 22주로 단축 하여 받는다. .